פרס עיפרון הזהב מוענק מדי שנה לקריקטוריסט ישראלי, והוא פרס על מפעל חיים.
ההחלטה על הענקת הפרס התקבלה לפני פתיחתו של המוזיאון, על ידי ועדת ההיגוי בראשותו של דן פתיר, ומהווה לצד פרס דוש, הזדמנות ייחודית להוקיר ולהציג את בכירי היוצרים שפועלים בישראל. פרס עיפרון הזהב, מוענק על ידי ראש העיר חולון, ומלווה בתערוכה בחלל החלוצים.